当安装启动选项的时候，对于每个硬盘都有三个选择。第一种BootMgr是使用FreeBSD的Boot Manager 作为多操作系统启动管理程序，来选择启动不同磁盘及不同分区上的多个操作系统。系统将在启动时提示使用者使用功能键F1、F2等来启动对应分区的操作系统，Boot Manager将被安装到磁盘的主引导区及其后的自由空间内，对硬盘分区没有影响。可以在每个硬盘上都安装Boot Manager，这样就能从第一个磁盘上启动其他磁盘上的Boot Manager，然后再启动该非启动硬盘上的操作系统。安装Boot Manager，是在一台计算机上管理多个操作系统的很好选择，是将FreeBSD安装到非启动硬盘上的一种有效的启动方式。
第二种选择为Standard，即使用标准的主引导区启动系统，这种方法由主引导区引导程序将控制权交给位于启动分区开始位置上的操作系统引导程序，然后再载入操作系统。因此这要求启动分区必须设置正确，需要在前面的操作中要将FreeBSD分区设置为启动分区。选择此项就将主引导区恢复为标准主引导区，相当于DOS下的fdisk /mbr命令。
第三种None方式是不改变主引导区，也不安装任何系统引导程序。当使用其他种类的操作系统引导软件时，如 Linux LILO，避免更改主引导区而使得那些操作系统引导程序不能正常运行。因为此时主引导区被其他引导程序使用，不需要改变。而此时引导FreeBSD的任务就交给了其他引导软件。
因为安装程序要更改主引导区，因此需要在BIOS中将主板中用于防病毒的主引导区写保护功能关掉。
当要在一台计算机使用多个操作系统时，确定系统引导的方式是一个复杂的情况，因为这与要使用的其他操作系统有关，一般情况下都可以使用FreeBSD的Boot Manager对多操作系统进行管理。但也可以使用Linux LILO、Windows NT OS Loader、OS/2 Boot Manager来管理多操作系统。但是在多操作系统的条件下，每个操作系统中的一些操作都会重写主引导区，从而造成引导程序出现问题。尤其DOS/Windows 系统，每次重新安装都会不加任何提示重写主引导区，将引导程序恢复为标准引导程序。
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